הוועד נבחר על ידי כלל החברים מן המניין בהצבעה אלקטרונית לכהונה בת שלוש שנים. בוועד יכהן לפחות רופא אחד מכל אחד מששת המקצועות הבאים, בתנאי שהציגו את מועמדותם לוועד: פסיכיאטריה של הילד והמתבגר, פסיכיאטריה, נוירולוגיה של הילד, נוירולוגיה, רפואת ילדים, רפואת משפחה. חבר ועד יוכל לכהן לכל היותר שתי תקופות כהונה רצופות, לאחר מכן יידרש לתקופת צינון בת 3 שנים. חבר ועד שמילא את מכסת הכהונות יוכל להגיש מועמדות לתפקיד היו"ר או חבר ועדת בקורת ללא תקופת צינון.

בעלי התפקיד בוועד הם:

א. מזכיר - מזכיר החברה ימונה מבין חברי הוועד שנבחרו בבחירות הכלליות, בישיבת הוועד הראשונה. מתפקידו בין היתר לנהל פרוטוקולים של ישיבות החברה והוועד, לבצע את התכתבויות החברה, לדאוג לרשימה מעודכנת של החברים וכתובותיהם. כמו-כן, עליו להודיע לחברים על קיומן של פגישות ואסיפות. בהיעדר המזכיר ימלא את מקומו היו"ר או הגזבר.

ב. גזבר – גזבר החברה ימונה מבין חברי הוועד שנבחרו בבחירות הכלליות בישיבת הוועד הראשונה, ויהיה אחראי, בין היתר, לטיפול בדמי החבר באמצעות תיאום מנגנון גביית דמי החבר מול הר"י, קבלת עדכונים ביחס למספר החברים המשלמים וסיוע למשלוח דרישות ואזהרות לחברים שאינם משלמים. הגזבר אחראי לשימוש מושכל בכספי החברה, לניהול התנועות הכספיות של החברה ולהעברת מסמכים כגון חשבוניות והעתקי המחאות למחלקת הנהלת החשבונות בהר"י.
הפעילות הכלכלית של החברה תתבצע אך ורק בתיאום עם מחלקת החשבונות בהר"י. מתפקיד הגזבר להגיש לוועד ולאסיפה הכללית דו"ח על פעילות זו. בהיעדר הגזבר, ימלא את מקומו היו"ר או המזכיר.

ג. חבר ועד ייבחר כמרכז הפעילות המדעית של החברה

ד. חבר ועד נוסף ייבחר כמרכז הפעילות הקלינית של החברה.

ה. חברי הוועד האחרים יפעלו במסגרת הוועד בכל משימה אחרת שהוועד החליט עליה.

ו. אסיפה שלא מן המניין שזומנה למטרה זו רשאית להחליף את הוועד לפני תום תקופת כהונתו.

ז. אם התפטר יו"ר החברה, יחליף אותו המזכיר או הגזבר (מי שנבחר במספר הקולות הרב ביותר). לוועד ייכנס רופא חבר מן המניין הבא בתור לפי תוצאות ההצבעה בבחירות לוועד, תחילה יוצע התפקיד לרופא מאותו תחום ההתמחות של היו"ר המתפטר. המינוי החדש יהיה רק עד מועד בחירות חדשות בהן ייבחר יו"ר החברה. אם לא יהיו מועמדים נוספים הבאים בתור לפי תוצאות ההצבעה – ראה ס"ק ט. להלן.

ח. אם התפטר חבר ועד - ייכנס לוועד הבא בתור לפי תוצאות ההצבעה בבחירות לוועד, תחילה יוצע התפקיד לרופא מאותו תחום ההתמחות של חבר הוועד המתפטר. אם לא יהיו מועמדים נוספים הבאים בתור לפי תוצאות ההצבעה – ראה ס"ק ט. להלן.

ט. אם פחת מספר חברי הוועד מתחת ל-6 (לא כולל היו"ר) עד למועד הבחירות הכלליות הבאות, יוכרז על בחירות מיוחדות שיעודן רק בחירת חברי ועד חדשים החסרים למצבת חברי הוועד וזאת תוך 60 יום ממועד ההתפטרות בפועל. האחריות על עריכת הבחירות ובכלל זאת הודעה לכל החברים מן המניין אשר הם בעלי זכות הצבעה היא על יו"ר החברה ומזכיר הוועד.

י. החלטות הוועד מתקבלות ברוב דעות. במקרה של חוסר הכרעה בגלל שוויון בקולות, זכאי יו"ר החברה להצבעה כפולה (קול כפול). הפעלת קול כפול היא לשיקולו של יו"ר הוועד. הוועד יתעד את החלטותיו והנימוקים שבצידם, בפרוטוקולים כתובים.

י"א. יו"ר החברה מכנס את ישיבת הוועד וקובע את סדר היום. הישיבות חוקיות רק כאשר משתתפים בהן לפחות 5 מחברי הוועד, כולל היו"ר.

י"ב. תפקידי הוועד הם: ייצוג חברה, ארגון כנסים, הוצאה לפועל של החלטות האסיפה הכללית, דיווח לאסיפה הכללית, אישור הוצאות על ידי יו"ר ומזכיר הוועד. על הגזבר לדווח על ההוצאות ועל ההכנסות לאסיפה הכללית. הוועד יטפל בכל הבעיות במסגרת מטרות החברה  שלא יוחדו בתקנון זה לגוף אחר.

י"ג. ועד החברה לא יוכל לקבל כל החלטה הנוגדת ו/או שאינה מתיישבת עם תקנונה, מדיניותה, החלטותיה או פעולותיה של הר"י.

י"ד. חבר ועד לא יקבל שכר עבור שירותיו לחברה. חבר ועד רשאי לקבל החזר הוצאות תפקיד על סמך החלטת ועד, המעוגנת בפרוטוקול ישיבה והמצאת קבלות וחשבוניות.

ט"ו. חבר ועד החברה שנעדר מארבע ישיבות רצופות, ללא סיבה סבירה, ייחשב כמתפטר מתפקידו, ותופסק כהונתו, ובלבד שתישלח אליו התראה מתאימה, ותינתן לו ההזדמנות לטעון את טענותיו בפני הוועד.

ט"ז. ועד החברה מחויב בכל ההתחייבויות המשפטיות (כספיות וחוזיות), שנטל על עצמו הוועד היוצא של החברה, ובלבד שנתקבלו בהתאם לתקנון הר"י, אלא אם כן פעל הוועד היוצא בניגוד לתקנון החברה או בניגוד לתקנון הר"י, וזאת בכפוף לכל דין.

י"ז. יו"ר החברה רשאי להסמיך את המזכיר או את הגזבר לבצע בשמו פעולות מסוימות שהן בתחום סמכותו ולחתום בשמו על כל הקשור בפעולות אלו.

י"ח. פרוטוקולים של ישיבות הוועד יופצו לוועדת ביקורת ולכל חברי החברה בדואר אלקטרוני.